Експозиція Музею археології Батурина розгорнута в приміщенні колишньої Воскресенської церковнопарафіяльної школи, побудованої в 1904 році. Саме археологічна колекція заповідника стала основою Музею археології Батурина, який  розпочав свою діяльність 22 січня 2009 р. Експонати розміщені за хронологічно-тематичним принципом.

Історія Батурина підтверджена археологічними матеріалами від найдавніших часів до трагічної загибелі міста у 1708 р.